Menu
- Laboratorium
- Pobór prób
- Diagnostyka
- Weterynaria
- Next Generation Sequencing
- Whole Genome Sequencing
- Whole Exome Sequencing
- Whole Genome Bisulfite Sequencing
- Whole-genome Resequencing (WGRS)
- Metagenomic Sequencing
- RNA Sequencing for Cancer Research
- RNA-Seq (Transcriptome)
- Small RNA Sequencing (with UMI)
- Single-cell high-throughput RNA sequencing (scRNA-seq)
- Spatial transcriptome-Stereo-seq
- 16S/18S/ITS Sequencing
- Pre-made Library Sequencing
- Long noncoding RNA (lncRNA) Sequencing
- Spektrometria mas (MS)
- Technologie wodorowe
- Testowanie żywności
- Używany sprzęt laboratoryjny
- Allegro Aukcje
- Oligonukleotydy
- Synteza peptydów
- Zdrowie
- Nowości
- Promocje
Producenci
Przestrzenny transkryptom – Stereo-seq
Opis usługi
Stereo-seq (SpaTIal Enhanced REsolution Omics sequencing) to nowatorska technologia umożliwiająca przestrzenne profilowanie transkryptomu na poziomie tkanek, komórek, a nawet subkomórkowym. Technologia oparta na chipach wychwytujących mRNA w tkankach osadzonych w OCT pozwala na tworzenie szczegółowych map ekspresji genów z zachowaniem ich kontekstu przestrzennego.
Stereo-seq jest stosowana m.in. w:
-
badaniach rozwojowych
-
onkologii
-
neurobiologii
-
regeneracji tkanek
Nie znaleziono produktów spełniających podane kryteria.
1. Zakres usługi
Etapy analizy:
-
Osadzenie i cięcie tkanki
-
Utrwalanie i permeabilizacja
-
Wychwyt mRNA i synteza cDNA
-
Przygotowanie biblioteki i sekwencjonowanie (DNBSEQ PE100)
-
Mapowanie danych do układu przestrzennego
-
Bioinformatyczna analiza i wizualizacja
Możliwości technologii:
-
Rozdzielczość na poziomie pojedynczych komórek
-
100% wychwyt komórek (teoretycznie)
-
Mapy transkryptomiczne do 13 × 13 cm
-
Analiza morfologii komórek i środowiska lokalnego
2. Wymagania dotyczące próbki
-
Materiał: świeżo zamrożone tkanki osadzone w OCT
-
Rozmiar maksymalny: 0,9 × 0,9 × 2 cm
-
Jakość RNA: RIN > 7
-
Transport: suchy lód, -80°C
-
Opcjonalnie: ekstrakcja całkowitego RNA z 10–20 skrawków (10 µm)
3. Bioinformatyka i wizualizacja
Stereo-seq Analysis Workflow (SAW):
-
Mapowanie odczytów do przestrzeni
-
Zliczanie CID (kody współrzędnych)
-
Klasteryzacja komórkowa i przestrzenna
-
Zliczanie genów i ekspresji
-
Rejestracja obrazów fluorescencyjnych (ssDNA/IF)
-
Tworzenie map ekspresji i raport końcowy
Pliki wynikowe: FASTQ, przestrzenne macierze ekspresji, obrazy map transkryptomu
4. Zastosowania
-
Profilowanie tkankowe i subkomórkowe
-
Mapowanie transkryptomu w rozwoju zarodkowym
-
Identyfikacja progenitorów w regeneracji mózgu (np. axolotl)
-
Analiza struktury przestrzennej nowotworów
-
Tworzenie atlasów ekspresji narządów
5. Dlaczego warto?
-
Pierwsza dostępna technologia z rozdzielczością subkomórkową
-
Pełny kontekst morfologiczno-genowy
-
Obsługa danych przestrzennych przez SAW
-
Publikacje w czołowych czasopismach (Nature, Science, Cell)
-
Potwierdzona skuteczność w badaniach nad regeneracją, rozwojem i nowotworami
Kontakt
Skontaktuj się z nami w sprawie projektu lub wyceny:
✉ gene@relvo.pl