Sekwencjonowanie Małych RNA (z UMI)

Opis usługi

Małe RNA (poniżej 200 nukleotydów) to niekodujące cząsteczki, które odgrywają kluczową rolę w regulacji ekspresji genów, m.in. przez wyciszanie transkrypcji. Sekwencjonowanie małych RNA umożliwia odkrywanie nowych form, analizę różnicowej ekspresji oraz identyfikację wariantów z dokładnością do pojedynczych zasad.

Usługa wykorzystuje unikalne identyfikatory molekularne (UMI), co pozwala na eliminację duplikatów PCR i zwiększenie dokładności ilościowej analizy. Technologia DNBSEQ™ zapewnia wysoką jakość danych i korzystny koszt jednostkowy.

1. Zakres usługi

• Sekwencjonowanie jednokierunkowe 50 bp

• Standardowo: 20 mln odczytów na próbkę

• Możliwość zastosowania UMI dla większej precyzji

• Standardowe formaty danych: FASTQ, BAM, Excel

• Czas realizacji: 22 dni robocze (dostępny tryb ekspresowy)

• Zaawansowana wizualizacja i analiza danych w systemie Dr. Tom

2. Bioinformatyka

Standardowa analiza obejmuje:

• Analiza ilościowa i różnicowa ekspresji miRNA

• Identyfikacja rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA, piRNA, phasiRNA

• Identyfikacja znanych i nowych miRNA (miRBase, RNAcentral, Rfam)

• Adnotacje GO i analiza ścieżek KEGG dla genów docelowych

• Predykcja genów docelowych miRNA

• Analiza długości i rozmieszczenia małych RNA w genomie

• Analiza interakcji:

  • miRNA–mRNA

  • lncRNA–mRNA

  • PPI

  • Sieci współekspresji

3. Technologia DNBSEQ™

• DNA Nanoballs (DNB™)

• Rolling Circle Replication (bez PCR)

• Patterned Nano Arrays

• Technologia cPAS

• Wysoce precyzyjny base calling

• Minimalne duplikacje i błędy

• Praktycznie brak błędnego przypisania indeksów

4. Dlaczego warto?

• Możliwość detekcji bardzo małych ilości RNA (np. z egzosomów, surowicy)

• Technologia UMI zwiększająca dokładność pomiaru

• Obsługa próbek ludzkich, roślinnych i zwierzęcych

• Rygorystyczna kontrola jakości na każdym etapie

• Doświadczenie w badaniach publikacyjnych i klinicznych

Kontakt

Masz pytania lub chcesz rozpocząć projekt?
✉ gene@relvo.pl