Sekwencjonowanie Metagenomiczne (Shotgun DNA)

Opis usługi

Metagenomiczne sekwencjonowanie środowiskowe umożliwia analizę DNA mikroorganizmów bez konieczności hodowli. Dzięki technologii DNBSEQ™ oferujemy wysokoprzepustowe sekwencjonowanie typu shotgun, pozwalające na identyfikację składu mikrobiomu, genów funkcjonalnych, różnic metabolicznych oraz potencjalnych produktów bioaktywnych.

1. Zakres usługi

• Sekwencjonowanie metagenomiczne DNA metodą shotgun

• Platforma DNBSEQ™ (paired-end 150 bp)

• Dane dostarczane w standardowych lub niestandardowych formatach (FASTQ, Excel, PNG)

• Jakość danych: ≥80% odczytów o jakości Q30

• Czas realizacji: do 35 dni roboczych (dostępna opcja ekspresowa)

• Możliwość rozszerzenia analizy bioinformatycznej na życzenie

2. Etapy realizacji

1. Przyjęcie i weryfikacja próbki

2. Przygotowanie biblioteki metagenomicznej

3. Sekwencjonowanie PE150

4. Generowanie i kontrola jakości danych

5. Analiza bioinformatyczna i raportowanie

3. Bioinformatyka

Standardowa analiza obejmuje:

• Filtrowanie odczytów i montaż De Novo

• Tworzenie katalogów genów i adnotacja funkcji (KEGG, CAZy, eggNOG, CARD)

• Identyfikacja składu i różnorodności mikrobiomu

• Analiza ilościowa i porównawcza (różnice między próbkami, PCA, klasteryzacja)

• Predykcja mobilnych elementów genetycznych i profagów

Opcja rozszerzona:

• Spersonalizowana adnotacja

• Własne porównania referencyjne

• Integracja z innymi danymi (np. metatranskryptomika, metaproteomika)

4. Technologia DNBSEQ™

• DNA Nanoballs (DNB™)

• Rolling Circle Replication

• Patterned Nano Arrays

• Technologia cPAS

• Zredukowana liczba błędów i duplikacji

• Wyższa przejrzystość danych i efektywniejsze wykorzystanie macierzy

5. Dlaczego warto?

• Sekwencjonowanie mikrobiomu bez etapu hodowli

• Możliwość wykrycia rzadkich organizmów i genów

• Wysoka jakość i powtarzalność danych

• Możliwość pełnej personalizacji pipeline’u

• Doświadczenie w realizacji dużych projektów metagenomicznych (środowiskowych, klinicznych, przemysłowych)

Kontakt

Masz pytania lub potrzebujesz wyceny?
✉ gene@relvo.pl