Wysokoprzepustowe Sekwencjonowanie RNA z Pojedynczej Komórki (scRNA-seq)

Opis usługi

Sekwencjonowanie RNA na poziomie pojedynczej komórki umożliwia precyzyjne badanie heterogeniczności komórek, identyfikację typów komórkowych oraz analizę ekspresji genów w różnorodnych układach biologicznych. Technologia 10x Genomics Chromium w połączeniu z platformą DNBSEQ™ i analizą w systemie Dr. Tom zapewnia kompleksowe, zautomatyzowane i skalowalne rozwiązanie do analizy tysięcy komórek jednocześnie.

1. Zakres usługi

• Przygotowanie próbki i ocena żywotności komórek

• Tworzenie mikrokapsułek GEM (żelowa emulsja z komórką)

• Emulsyjny PCR, odwrotna transkrypcja, konstrukcja biblioteki

• Sekwencjonowanie paired-end 100 bp (PE100)

• Bioinformatyczna analiza: standardowa (Cell Ranger) lub rozszerzona (Dr. Tom)

• Czas realizacji: 28–45 dni roboczych (ustalany indywidualnie)

2. Bioinformatyka

Standardowa analiza (Cell Ranger / Dr. Tom):

• Klasteryzacja komórek

• Identyfikacja genów markerowych i typów komórkowych

• Analiza różnicowej ekspresji genów (DEG)

• Pseudoczas i porządkowanie rozwoju komórkowego

• Analiza GO i KEGG

• Analiza czynników transkrypcyjnych

• Interakcje komórka–komórka (CellphoneDB)

• Interakcje gen–białko i współekspresja

Dodatkowo dostępna:

• Dostosowana analiza bioinformatyczna zgodna z wymaganiami projektu

• Interaktywne raporty online (system Dr. Tom)

3. Technologia

• Platforma 10x Genomics Chromium (żelowo-emulsyjna matryca GEM)

• Nanokulki z kodami kreskowymi dla każdej komórki

• Automatyczna identyfikacja transkryptów komórkowych

• Sekwencjonowanie z rozdzielczością komórka-po-komórce

• Precyzyjne przypisanie danych do konkretnej komórki i transkryptu

4. Dlaczego warto?

• Analiza do 80 000 komórek w jednym przebiegu

• Identyfikacja rzadkich typów komórek

• Możliwość dokładnego mapowania różnorodności komórkowej

• Elastyczna analiza bioinformatyczna i interaktywna prezentacja wyników

• Obsługa próbek nowotworowych, immunologicznych, zarodkowych, PBMC i innych

• Niższy koszt w przeliczeniu na komórkę dzięki wysokiej przepustowości

Kontakt

Skontaktuj się z nami w sprawie szczegółów technicznych lub wyceny:
✉ gene@relvo.pl