Sekwencjonowanie lncRNA (długie niekodujące RNA)

Opis usługi

Długie niekodujące RNA (lncRNA) to cząsteczki RNA o długości powyżej 200 nukleotydów, które nie kodują białek. Pełnią istotne funkcje regulacyjne w ekspresji genów, różnicowaniu komórek, nowotworzeniu i odpowiedzi immunologicznej. Oferujemy kompleksowe usługi sekwencjonowania lncRNA – od próbki po raport bioinformatyczny – z wykorzystaniem nowoczesnej technologii DNBSEQ™.

1. Zakres usługi

Profil ekspresji lncRNA i mRNA

• Identyfikacja i ilościowa analiza lncRNA

• Analiza różnicowej ekspresji

• Korelacja lncRNA–mRNA

• Przewidywanie funkcji na podstawie współekspresji

Technologia i parametry

• Sekwencjonowanie paired-end (100–150 bp)

• Platforma DNBSEQ™

• Czas realizacji: 15–30 dni roboczych

• Gwarantowana jakość: Q20 ≥ 85%

• Możliwość analizy przyspieszonej

2. Bioinformatyka

Standardowa analiza

• Identyfikacja mRNA i lncRNA

• Analiza ekspresji (TPM/FPKM)

• Wzbogacenie szlaków KEGG / GO

Zaawansowana analiza (Dr. Tom)

• Analiza GSEA

• Anotacje Rfam, Pfam, Reactome, COG, InterPro, EggNOG

• Interakcje:

  • miRNA–mRNA

  • lncRNA–mRNA

  • PPI (interakcje białko-białko)

• Sieci współekspresji

• Przewidywanie czynników transkrypcyjnych (TFDB)

• Obsługa własnych zbiorów danych

3. Etapy realizacji

1. Kontrola jakości próbki RNA

2. Przygotowanie biblioteki RNA

3. Sekwencjonowanie (PE100/150)

4. Uzyskanie surowych danych (FASTQ)

5. Analiza bioinformatyczna (BAM, Excel)

4. Wymagania dotyczące próbki

• Rodzaje próbek: całkowite RNA z krwi, linii komórkowych, FFPE lub świeżo mrożonych tkanek

• Gatunki: człowiek, mysz, szczur

• Ilość RNA: ≥200 ng

• Stężenie: ≥20 ng/μL

• RIN: ≥6.0

• 28S/18S: ≥1.0

• Czystość: OD260/280 ≥ 2.0, OD260/230 ≥ 2.0

• Brak degradacji i zanieczyszczeń DNA

5. Dlaczego warto?

• Kompleksowa analiza ekspresji lncRNA i mRNA

• Przejrzysty pipeline bioinformatyczny

• Zoptymalizowana platforma DNBSEQ™

• Doświadczenie w analizie transkryptomu

• Elastyczność w doborze metod i formatów danych

Kontakt

Zapytaj o ofertę lub bezpłatną konsultację:
✉ gene@relvo.pl