Opis usługi

Usługa identyfikacji białek opiera się na analizie punktów i pasków żelowych w technikach elektroforetycznych (2D, SDS-PAGE) oraz LC-MS/MS. Jest szczególnie przydatna przy ograniczonej liczbie białek w próbce lub przy analizie wyznaczonych obszarów żelu. Relvo i BGI oferują pełne wsparcie od przygotowania próbki po analizę bioinformatyczną, opartą o zwalidowane bazy danych i zaawansowane metody obliczeniowe.

1. Zakres usługi

Metody analizy

• Identyfikacja punktów żelowych (2D elektroforeza + LC-MS/MS)

• Identyfikacja pasków żelowych (SDS-PAGE + LC-MS/MS)

• Identyfikacja białek z roztworów białkowych

• Annotacja funkcji białek na poziomie GO, COG, KOG oraz szlaków biologicznych

• Ilościowa analiza względnej obfitości (iBAQ)

Zastosowania

• Identyfikacja białek docelowych

• Analiza mieszanin białek

• Badanie interakcji białko-białko

2. Etapy analizy

1. Odbarwianie punktów/pasków żelowych

2. Enzymatyczne trawienie białek

3. Analiza LC-MS/MS (tryb DDA)

4. Porównanie z bazami danych

5. Generowanie listy peptydów i białek

6. Bioinformatyczna anotacja funkcji białek

3. Bioinformatyka

Dostarczane dane i analiza:

• Lista peptydów i białek

• Annotacja GO (Gene Ontology)

• Annotacja KOG i COG (klastry ortologiczne)

• Annotacja szlaków białkowych

• Ilościowa analiza względna

4. Wymagania dotyczące próbki